El sistema de Monitoreo de la Conservación del SNAP ha pasado por varias propuestas desde su creación en 1994. Durante el 2001 y 2002 tuvo la misión de identificar indicadores dentro de grandes ejes temáticos, a partir de los cuales varias AP desarrollaron sus propios programas de monitoreo (SERNAP, 2012). Con la Agenda Estratégica del SERNAP, se identifican una serie de ámbitos estratégicos que el Plan Maestro del SERNAP consolida, y que constituyen los lineamientos bajo los cuales se deben enmarcar las actividades que desarrolla esta institución. Aspectos que deben ser considerados para el monitoreo en las AP y que el presente Plan de Monitoreo toma en cuenta para sentar los lineamientos y el procedimiento del programa de monitoreo para el AP San Matías. El proceso de elaboración del Plan de Monitoreo ha sido parte del trabajo de complementación del Plan de Manejo del Área Natural de Manejo Integrado San Matías con el propósito de dar seguimiento y evaluar los avances y la implementación de la gestión del área protegida.